Desde sus primeras investigaciones, el equipo utilizó un diseño asistido por ordenador para crear proteínas que se dirigieran a los sitios vulnerables del virus. A partir de ahí, los investigadores optimizaron estas proteínas de diseño, mapeando de forma exhaustiva las mutaciones que ofrecían a las proteínas una gran ventaja, a la hora de atacar zonas específicas de los virus.
El equipo mejoró las proteínas a través de un proceso llamado secuencia profunda de ADN, lo cual permitió a Whitehead y sus colaboradores secuenciar, de forma simultánea, millones de variantes de las proteínas manufacturadas, e identificar y mantener las mutaciones beneficiosas, optimizando el rendimiento de las proteínas.
Whitehead afirma que "este trabajo demuestra un nuevo enfoque para el diseño de proteínas terapéuticas, que estimulará el desarrollo de fármacos de proteínas en la industria biofarmacéutica". La investigación también ha sentado las bases para desarrollar futuros tratamientos contra todos los virus de la gripe, y otras enfermedades, como la viruelaEP

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